生态毒理学报

2020, v.15(02) 61-70

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浮游动物DNA宏条形码标志基因比较研究
Study on the Selection of Marker Genes in Zooplankton DNA Metabarcoding Monitoring

高旭;杨江华;张效伟;

摘要(Abstract):

DNA宏条形码技术作为一种新型生物监测方法,在未来生态环境监测中有巨大的应用潜力。目前,浮游动物DNA宏条形码监测仍在发展阶段,需要首先对其(采样方法、引物选择和数据分析等)进行标准化和调整,然后才能用于常规流域生态监测。其中,如何选择合适的PCR扩增引物是DNA宏条形码生物监测标准化的关键问题之一。本研究比较了COI、18SV9和16S通用引物在浮游动物DNA宏条形码监测中的差异,为初步建立规范化的浮游动物DNA宏条形码监测方法提供技术支撑。结果表明,16S引物对浮游动物具有更好的特异性,其产生的操作分类单元(operational taxonomic unit, OTU)有88.1%属于浮游动物。虽然18SV9引物具有更高的物种覆盖度,不仅能扩增出浮游动物,还能扩增出大量藻类和真菌,但其物种识别敏感性较差,不适合浮游动物物种水平多样性监测。COI引物的浮游动物物种特异性、物种覆盖度和物种识别敏感性都适中,检出的浮游动物物种数量高于18SV9引物和16S引物,更加适合浮游动物DNA宏条形码监测。

关键词(KeyWords): 宏条形码技术;标志基因;生物多样性;COI;18S;16S引物

Abstract:

Keywords:

基金项目(Foundation): 国家自然科学基金青年基金资助项目(41807482);; 江苏省自然科学基金青年基金资助项目(BK20180331);; 国家重大“水专项”(2018ZX0720801004)

作者(Author): 高旭;杨江华;张效伟;

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DOI:

参考文献(References):

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