生态毒理学报

2018, v.13(05) 76-86

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环境DNA(eDNA)宏条形码技术对枝角类浮游动物物种鉴定及其生物量监测研究
Identification and Biomass Monitoring of Zooplankton Cladocera Species with eDNA Metabarcoding Technology

孙晶莹;杨江华;张效伟;

摘要(Abstract):

环境DNA(eDNA)宏条形码(Metabarcoding)技术越来越多地被应用于环境中物种定性识别,但如何定量监测物种在环境中的丰度尚未得到解决。本研究以太湖流域常见的5种浮游动物拟同形溞、大型溞、蚤状溞、多刺裸腹溞、老年低额溞为研究对象,建立了一种基于eDNA宏条形码技术的物种定量方法,并与实时荧光定量PCR(qPCR)相比较,研究了eDNA宏条形码技术多物种定量的准确性。结果表明,PCR引物对eDNA宏条形码的物种检测和定量影响显著。313 bp COI313引物对浮游动物物种覆盖度高,但是物种间DNA扩增的偏好性大,不适用于eDNA宏条形码定量检测。基于COI序列重新设计的短COI116引物能够同时检测出所有5个物种。荧光定量PCR(qPCR)物种拷贝数与物种相对占比呈正相关。eDNA宏条形码所检出每个物种的序列数与qPCR定量拷贝数高度一致。综上,eDNA宏条形码技术可实现对浮游动物物种的半定量检测,在生物多样性监测和生物完整性评价有显著的应用价值。

关键词(KeyWords): eDNA宏条形码;生物多样性;qPCR;引物偏好;生物完整性;物种丰度;相对丰度

Abstract:

Keywords:

基金项目(Foundation): 国家重大“水专项”课题(2017ZX07602-002,2018ZX07208-002)

作者(Author): 孙晶莹;杨江华;张效伟;

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